ด้านปฏิบัติการ ศูนย์ควบคุมการบินหาดใหญ่ มีหน้าที่รับผิดชอบการให้บริการการเดินอากาศ บริการควบคุมจราจรทางอากาศ เขตสนามบิน และเขตประชิดสนามบิน แก่ท่าอากาศยานหาดใหญ่ งานบริการการเดินอากาศ ด้านบริการข่าวสารการบิน ด้านระบบวิทยุสื่อสาร ระบบเครื่องช่วยการเดินอากาศ และระบบติดตามอากาศยาน โดยใช้ระบบเรดาห์ทุติยภูมิ (Secondary Surveillance Radar) ในการควบคุมจราจรทางอากาศ ซึ่งติดตั้งใช้งานที่เขตประชิดสนามบิน (Approach Control) มีรัศมีโดยรอบไม่เกิน 80 ไมล์ทะเล ในการควบคุมจราจรทางอากาศ และได้นำเครือข่ายโทรคมนาคมการบิน (Aeronautical Telecommunication Network : ATN) ซึ่งเป็นเทคโนโลยีใหม่ในการสื่อสารระหว่างผู้ควบคุมจราจรทางอากาศและนักบินมาใช้ เพื่อก่อให้เกิดความรวดเร็ว แม่นยำ เที่ยงตรง และมีความปลอดภัยสูง โดยได้ติดตั้งอุปกรณ์เชื่อมโยงเครือข่าย ATN ณ ศูนย์ควบคุมการบินหาดใหญ่ด้วย โดยให้บริการควบคุมจราจรทางอากาศภายในท่าอากาศยานหาดใหญ่  ตรัง นราธิวาส และเบตง

ด้านการบริการเครื่องช่วยการเดินอากาศ ณ ศูนย์ควบคุมการบินหาดใหญ่ ได้มีการติดตั้งอุปกรณ์เพื่ออำนวยความสะดวกให้อากาศยานทำการขึ้น-ลงได้อย่างปลอดภัย ประกอบด้วย

1. เครื่องช่วยการเดินอากาศบอกทิศทางจากสนามบิน (Doppler Very High Frequency Omni-directional Range หรือ DVOR)
2. เครื่องช่วยการเดินอากาศบอกระยะทางระหว่างสถานีเครื่องช่วยการเดินอากาศกับตำแหน่งที่เครื่องบินกำลังบินอยู่ (Distance Measuring Equipment หรือ DME)
3. เครื่องช่วยการเดินอากาศที่บอกทิศทางให้กับเครื่องบิน (Non Directional Radio Beacon หรือ NDB) (เฉพาะนราธิวาสและปัตตานี)
4. เครื่องช่วยในการนำเครื่องบินลงสู่สนามบิน (Instrument Landing System หรือ ILS) โดยอุปกรณ์ดังกล่าวได้มีการพัฒนาปรับปรุงให้ทันสมัย ได้มาตรฐานสากล และอยู่ในสภาพสมบูรณ์ใช้งานได้ตลอดเวลา

ด้านบริหารงบประมาณ โดยจัดทำงบประมาณให้กับศูนย์ควบคุมการบินหาดใหญ่ หอควบคุมจราจรทางอากาศตรัง นราธิวาส และเบตง

ด้านซ่อมบำรุง จัดซ่อมบำรุงรักษาอุปกรณ์ต่าง ๆ ที่ติดตั้ง ณ ท่าอากาศยานหาดใหญ่ ตรัง นราธิวาส ปัตตานี และเบตง