ด้านปฏิบัติการ ศูนย์ควบคุมการบินหัวหิน รับผิดชอบดำเนินการให้บริการควบคุมจราจรทางอากาศ และ/หรือบริการข่าวสารการบิน แก่อากาศยานที่ปฏิบัติการบินภายในเขตสนามบินของท่าอากาศยานหัวหินและตราด และเขตประชิดสนามบินของท่าอากาศยานหัวหิน

ด้านการบริการเครื่องช่วยการเดินอากาศ ณ ศูนย์ควบคุมการบินหัวหิน ได้มีการติดตั้งอุปกรณ์เพื่ออำนวยความสะดวกแก่อากาศยานที่ทำการขึ้น-ลงได้อย่างปลอดภัย ประกอบด้วย

1. เครื่องช่วยการเดินอากาศบอกที่ตั้งสนามบิน (Very High Frequency Omni-directional Range หรือ VOR)
2. เครื่องช่วยการเดินอากาศบอกระยะทางระหว่างสถานีเครื่องช่วยการเดินอากาศกับตำแหน่งที่เครื่องบินกำลังบินอยู่ (Distance Measuring Equipment หรือ DME)
3. เครื่องช่วยการเดินอากาศที่บอกทิศทางให้กับเครื่องบิน (Non Directional Radio Beacon หรือ NDB)
4. ระบบเรดาร์ปฐมภูมิ (Primary Surveillance System)