ด้านปฏิบัติการ ศูนย์ควบคุมการบินสุราษฎร์ธานี มีหน้าที่รับผิดชอบด้านการควบคุมการจราจรทางอากาศบริเวณเขตท่าอากาศยาน ด้านการสื่อสารการบินส่วนภูมิภาค และบริการเครื่องช่วยการเดินอากาศ สำหรับด้านบริการควบคุมจราจรทางอากาศ ใช้ระบบเรดาร์ทุติยภูมิ (Secondary Surveillance Radar) ในการควบคุมจราจรทางอากาศ ซึ่งใช้สำหรับติดตามอากาศยานตามเส้นทางบิน (Area Control) มีรัศมีโดยรอบ 250 ไมล์ทะเล และได้นำเครือข่ายโทรคมนาคมการบิน ( Aeronautical Telecommunication Network : ATN ) ซึ่งเป็นเทคโนโลยีใหม่ในการสื่อสารระหว่างผู้ควบคุมจราจรทางอากาศและนักบินมาใช้ เพื่อก่อให้เกิดความรวดเร็ว แม่นยำ เที่ยงตรง และมีความปลอดภัยสูง โดยได้ติดตั้งอุปกรณ์เชื่อมโยงเครือข่าย ATN ณ ศูนย์ควบคุมการบินสุราษฎร์ธานีด้วย โดยให้บริการควบคุมจราจรทางอากาศภายในเขตท่าอากาศยานสุราษฎร์ธานี

ด้านการบริการเครื่องช่วยการเดินอากาศ ณ ศูนย์ควบคุมการบินสุราษฎร์ธานี ได้มีการติดตั้งอุปกรณ์เพื่ออำนวยความสะดวกให้อากาศยานทำการขึ้น-ลงได้อย่างปลอดภัย ประกอบด้วย

1. เครื่องช่วยการเดินอากาศบอกทิศทางจากสนามบิน (Doppler Very High Frequency Omni-directional Range หรือ DVOR)
2. เครื่องช่วยการเดินอากาศบอกระยะทางระหว่างสถานีเครื่องช่วยการเดินอากาศกับตำแหน่งที่เครื่องบินกำลังบินอยู่ (Distance Measuring Equipment หรือ DME)
3. เครื่องช่วยการเดินอากาศที่บอกทิศทางให้กับเครื่องบิน (Non Directional Radio Beacon หรือ NDB)
4. เครื่องช่วยในการนำเครื่องบินลงสู่สนามบิน (Instrument Landing System หรือ ILS) โดยอุปกรณ์ดังกล่าวได้มีการพัฒนาปรับปรุงให้ทันสมัย ได้มาตรฐานสากล และอยู่ในสภาพสมบูรณ์ใช้งานได้ตลอดเวลา

ด้านบริหารงบประมาณ จัดทำงบประมาณให้กับศูนย์ควบคุมการบินสุราษฎร์ธานี หอควบคุมจราจรทางอากาศนครศรีธรรมราช ชุมพร และสมุย

ด้านซ่อมบำรุง จัดซ่อมบำรุงรักษาอุปกรณ์ต่าง ๆ ณ ท่าอากาศยานสุราษฎร์ธานี ชุมพร สมุย และนครศรีธรรมราช