ด้านปฏิบัติการ ศูนย์ควบคุมการบินภูเก็ต มีหน้าที่รับผิดชอบด้านการควบคุมจราจรทางอากาศบริเวณเขตท่าอากาศยาน ด้านการสื่อสารการจราจรทางอากาศส่วนภูมิภาค และบริการเครื่องช่วยการเดินอากาศ สำหรับด้านบริการควบคุมจราจรทางอากาศใช้ระบบเรดาร์ปฐมภูมิ (Primary Surveillance Radar) ในการควบคุมจราจรทางอากาศ ซึ่งติดตั้งใช้งานที่เขตประชิดสนามบิน (Approach Control) มีรัศมีโดยรอบไม่เกิน 80 ไมล์ทะเล และได้นำเครือข่ายโทรคมนาคมการบิน (Aeronautical Telecommunication Network : ATN ) ซึ่งเป็นเทคโนโลยีใหม่ในการสื่อสารระหว่างผู้ควบคุมจราจรทางอากาศและนักบินมาใช้ เพื่อก่อให้เกิดความรวดเร็ว แม่นยำ เที่ยงตรง และมีความปลอดภัยสูง โดยได้ติดตั้งอุปกรณ์เชื่อมโยงเครือข่าย ATN ณ ศูนย์ควบคุมการบินภูเก็ตด้วย โดยให้บริการควบคุมจราจรทางอากาศภายในเขตท่าอากาศยานภูเก็ต ระนอง และกระบี่

ด้านการบริการเครื่องช่วยการเดินอากาศ ณ ศูนย์ควบคุมการบินภูเก็ต ได้มีการติดตั้งอุปกรณ์เพื่ออำนวยความสะดวกให้อากาศยานทำการขึ้น-ลงได้อย่างปลอดภัย ประกอบด้วย

1. เครื่องช่วยการเดินอากาศบอกทิศทางจากสนามบิน (Doppler Very High Frequency Omni-directional Range หรือ DVOR)
2. เครื่องช่วยการเดินอากาศบอกระยะทางระหว่างสถานีเครื่องช่วยการเดินอากาศกับตำแหน่งที่เครื่องบินกำลังบินอยู่ (Distance Measuring Equipment หรือ DME)
3. เครื่องช่วยการเดินอากาศที่บอกทิศทางให้กับเครื่องบิน (Non Directional Radio Beacon หรือ NDB)
4. เครื่องช่วยในการนำเครื่องบินลงสู่สนามบิน (Instrument Landing System หรือ ILS) โดยอุปกรณ์ดังกล่าวได้มีการพัฒนาปรับปรุงให้ทันสมัย ได้มาตรฐานสากล และอยู่ในสภาพสมบูรณ์ใช้งานได้ตลอดเวลา

ด้านบริหารงบประมาณ โดยจัดทำงบประมาณให้กับศูนย์ควบคุมการบินภูเก็ต หอควบคุมจราจรทางอากาศระนอง และกระบี่

ด้านซ่อมบำรุง ซ่อมบำรุงรักษาอุปกรณ์ต่าง ๆ ที่ติดตั้ง ณ ท่าอากาศยานภูเก็ต ระนอง และกระบี่